Органските и неорганските пигменти се разликуваат врз основа на нивното потекло и хемиски својства.
Извор: Органските пигменти се екстрахираат или синтетизираат од животни, растенија, минерали или вештачки синтетизирани органски соединенија. Неорганските пигменти се екстрахираат или синтетизираат од руди, минерали или синтетички неоргански соединенија.
Хемиски својства: Молекулите на органските пигменти обично се составени од сложени структури кои содржат јаглерод, а нивната боја е одредена од хемиската структура на органското соединение. Молекулите на неорганските пигменти обично се составени од неоргански елементи, а нивната боја се одредува според својствата и структурата на елементите.
Стабилност: Неорганските пигменти се генерално постабилни од органските пигменти и поотпорни на светлина, киселина, алкали и топлина. Органските пигменти може да се распаднат или променат бојата под одредени услови. Опсег на бои: Поради разликите во нивната хемиска структура, органските пигменти генерално имаат поширок опсег на бои, што овозможува поживописни бои. Неорганските пигменти имаат релативно тесен опсег на бои. Полиња за примена: Органските пигменти се погодни за бои, бои, пластика, хартија и други полиња. Неорганските пигменти се широко користени во керамика, стакло, пигменти, премази и други полиња.

Треба да се напомене дека и органските и неорганските пигменти имаат свои предности и карактеристики, а изборот на кој пигмент да се користи зависи од специфичните потреби за примена и саканиот ефект.